پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس و دریای عمان در سال 1361 تحت نام مرکز تحقیقات شیلاتی دریای عمان تاسیس و به فعالیت در زمینه ارزیابی ذخایر آبزیان، فرآوری و مطالعات هیدروبیولوژی پرداخت. با توجه به افزایش نقش شیلات در زندگی و معیشت ساکنان نوار ساحلی استان هرمزگان، فعالیت های پژوهشی نیز گسترش یافت.
در راستای تغییر ساختار ستاد موسسه، در سال 1381 با مجوز وزارت علوم تحقیقات و فناوری مرکز به پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس ودریای عمان تغییر نام پیدا کرد و با تمرکز برمطالعات بوم شناسی خلیج فارس و دریای عمان به فعالیت در عرصه پژوهشی های دریایی جنوب کشور ادامه داد .با توجه به تغییر ساختار، فعالیت های پژوهشی در قالب بخش های تخصصی اکولوژی منابع آبی، آبزی پروری، زیست فناوری دریایی، زیست شناسی و ارزیابی ذخایر آبزیان وایستگاه تحقیقاتی نرمتنان خلیج فارس(بندرلنگه) سازماندهی گردید. در سال های اخیر پژوهشکده با اجرای طرح های تحقیقات کاربردی با هدف کمک به بهره برداری پایدار از آبزیان تجاری از یک سو وتوجه ویژه به نیاز بهره برداران گامهای موثری در راستای رفع مشکلات پیش رو برداشته است. بهره مندی از امکانات و تجهیزات استاندارد میدانی و آزمایشگاهی موجب گردید تا پژوهشکده به عنوان اولین پژوهشکده فعال در زمینه علوم دریایی کشور با هدف تولید داده های معتبر به اعمال استانداردهای بین المللی همت گماشته و در سال 1388 موفق به اخذ گواهینامه بین الملی 17025ISO گردیدکه نقش بسزایی در ارتقا کیفیت نتایج آزمایشگاهی و طرح های پژوهشی داشته است. اجرای صدها پروژه تحقیقاتی کاربردی، همکاری با سازمان های اجرایی و بخش های خصوصی، اجرای فعالیت های پژوهشی مشترک با دانشگاههای معتبر کشور بیانگر نقش سازنده پژوهشکده در حل مشکلات پیش روی بهره برداران وکمک به تولید پایدار آبزیان است. پژوهشکده یا بهره مندی از محققین توانمند در زمینه های مختلف علوم شیلاتی در فعالیت های پژوهشی مشترک نیز نقش بر جسته ای ایفا کرده است. شرکت فعال در گشت های تحقیقاتی راپمی که با مشارکت کشورهای حاشیه خلیج فارس و دریای عمان اجرا می شود و برگزاری کارگاههای آموزشی برای کشورهای عضو در زمینه بیوتوکسین های دریایی شاهدی بر این مدعاست. خلیج فارس و دریای عمان در سال های 1387 لغایت 1391 با شکوفایی گسترده فیتوپلانکتونی که بعنوان کشند قرمز شناخته شده مواجه گشت. پژوهشکده در ابتدای بروز حادثه به کمک مردم شتافت و با بهره مندی از دانش و تخصص محققین و جلب همکاری های ملی و بین المللی به مدیریت پدیده پرداخته و از بروز خسارات جدی به بهره برداران شیلاتی و سایر بخش ها جلوگیری کرد، در این راستا دهها پروژه تحقیقاتی در زمینه های شناسایی، پایش های ماهواره ای و میدانی، روش های کنترل و مقابله تعریف و اجرا گردید. در حال حاضر نیز پژوهشکده به عنوان مرجع ردیابی، شناسایی وکنترل پدیده کشند قرمز در آبهای جنوب کشور شناخته شده است. پژوهشکده به منظور ایفای نقش موثردر ترویج یافته های پژوهشی از سال 1394 مبادرت به انتشارمجله ترویجی بوم شناسی منابع آبی کرده است.
پژوهشکده اکنون بابهره مندی از محقق و اعضا هیات علمی متخصص و استفاده از آزمایشگاه های فعال در راستای برنامه های کلان موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور گام برداشته و طرحهای تحقیقاتی در راستای کمک به توسعه پایدار پرورش ماهی در قفس از طریق معرفی بیوتکنیک ماهیان بومی، بررسی عوامل محیطی و تغذیه ای موثر بر تولید، کنترل بیوفولینگ ها تدوین و در حال اجراست. علاوه بر آن بصورت میانگین سالانه، تعداد 35 پروژه و فعالیت پژوهشی در راستای دستیابی به اهداف پیش بینی شده در حال انجام دارد.