پژوهش یکی از اساسی ترین نیازها برای نیل به پیشرفت و توسعه همه جانبه یک کشور است و قدرت استقلال هر کشوری بر پژوهش و تولید علم استوار است. بنابراین نوع و سطح فعالیت های پژوهشی یکی از شاخص های اصلی توسعه و پیشرفت محسوب میشود. موفقیت در تمام فعالیت های مربوط به توسعه از جمله صنایع، خدمات، کشاورزی و شیلات به نحوی به گسترش فعالیت های پژوهشی بستگی دارد. بر این اساس در سال 1361 مرکز تحقیقات شیلاتی دریای عمان در بندرعباس با هدف تحقیق بر روی گونه های آبزیان دریایی شروع به کار کرد و با توسعه فعالیت ها و امکانات، در سال 1381 با مجوز علوم، تحقیقات و فناوری به پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس و دریای عمان ارتقاء یافت.

ساختمان مرکزی پژوهشکده در فضایی به مساحت 4200 متر مربع مشرف به دریا واقع گردیده، همچنین دارای ایستگاه تحقیقاتی نرمتنان خلیج فارس در شهرستان بندرلنگه می باشد.

اکنون فعالیت های تحقیقاتی پژوهشکده در قالب بخش بوم شناسی (اکولوژی دریا)، زیست شناسی و ارزیابی ذخایر آبزیان، تکثیر و پرورش آبزیان، تکنولوژی فرآوری آبزیان، ژنتیک آبزیان و بهداشت و بیماریهای آبزیان انجام می گردد. ایستگاه تحقیقاتی نرمتنان خلیج فارس ماموریت تحقیق در زمینه نرمتنان و ماهیان زینتی را به عهده دارد. پژوهشکده از سال 1388 موفق به دریافت گواهینامه بین المللی سیستم مدیریت کیفیت آزمایشگاه بر اساس استاندارد ISO/IEC/17025 از موسسه اعتباردهی دکس (DAKKS) آلمان گردید.