به گزارش روابط عمومي پژوهشكده اكولوژي خليج فارس و درياي عمان، بخشی از فعالیت های اکولوژی و منابع آبی پژوهشکده مطالعه اکوسیستم‌های آبی برای ارتقای سلامت و پایداری آن‌ است. این زمینه مطالعاتی برای درک بسیاری از فعل‌وانفعالات پیچیده‌ای که در اکوسیستم‌های دریایی رخ می‌دهد، ازجمله روابط بین گونه‌های مختلف،تنوع زیستی، اثرات فعالیت‌های انسانی ، توسعه صنایع، اثرات احداث آب شیرین کن بر محیط‌زیست و تأثیر تغییرات آب‌وهوا بر حیات دریایی است. بخش اکولوژی به دلیل ماهیت مطالعات و اقدامات پایه‌ای پژوهش‌های مشترک متعدد با سایر بخش‌ها را دارا می باشد.
دکتر فرشته سراجی رئیس بخش اکولوژی منابع ابی پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس و دریای عمان اهداف مهم در بخش اکولوژی این پژوهشکده را به شرح ذیل بیان نمودند:
 تعیین ویژگی‌های بوم‌شناختی اکوسیستم‌های آبی
 شناسایی تهدیدات زیستی دریایی و مدیریت آن‌ها
 ارزیابی اثرات آلاینده‌ها بر اکوسیستم و سلامت آبزیان
 تعیین ارتباط بین منابع آبزی و عوامل محیطی
ایشان عنوان نمودند هم اکنون در این بخش تعداد 9 پروژه در مرحله تجزیه و تحلیل داده ها و گزارش نویسی و 9 پروژه در فاز عملیاتی و اجرا می باشد.
دکترسراجی در ادامه در خصوص برخی از تحقیقات و پروژه های در دست اقدام: به طرح بررسی نقش خروجی تصفیهخانه فاضلاب شهری بندرعباس بر شرایط محیطی و جوامع زیستی آب‌های ساحلی مشتمل بر پروژه های بررسي پارامترهاي کيفي آب در سواحل دريافتکننده و پساب تصفيهخانه شهر بندرعباس ، پروژه بررسي آلايندههاي آلي و معدني در آبهاي ساحلي دريافتکننده و پساب تصفيهخانه شهر بندرعباس، پروژه بررسي اثرات خروجي تصفيهخانه شهر بندرعباس بر روي جوامع بزرگ بيمهرگان کفزي در آبهاي ساحلي بندرعباس با هدف بررسی آلودگی دریا ناشی از خروجی پساب تصفیه خانه و اثرات آن بر روی جوامع زیستی بخصوص بزرگ بی مهرگان کفزی و کیفیت آب سواحل بندرعباس بوده که از سال 1402 شروع و بمدت دو سال اجرا میگرد، با نتایج حاصل از این پروژه ها کا رایی سیستم جدید بکار برده شده در تصفیه خانه شهر بندرعباس نیز مشخص خواهد گردید.
نظر به اهمیت تبیین نقش عوامل محیطی در پراکنش آبزیان فعالیت های تحقیقاتی مشترک با بخش بیولوژِی و ارزیابی ذخایر در حال انجام است. مطالعات مکان یابی استقرار سازه های مصنوعی به منظور باسازی ذخایر آبزیان از طریق بررسی عوامل زیستی و غیرزیستی دریایی در قالب یک طرح و چهار پروژه بصورت مشترک با بخش بیولوژِی و ارزیابی ذخایر در دست اجراست
با توجه به توسعه و رشد آب شیرین کن ها و اثرات ان بر اکوسیستم دریا ، طرح کنترل و مدیریت اثرات محیط زیستی ناشی از تلخاب آب شیرینکن ها در نوار ساحلی استان هرمزگان (شهر بندرعباس) با پایش اثرات محیط زیستی پساب آب شیرینکن ها بر آبهای ساحلی در استان هرمزگان (شهر بندرعباس) از دیگر پروژه های در دست اجرا در این بخش میباشد که به اثرات خروجی پساب آب شیرین کن بر اکوسیستم آبهای بندرعباس می پردازد .تدوین مقادیر مجاز تخصصی و استاندارد ملی برای ویژگیهای فیزیکی و شیمیایی پساب واحدهای صنعتی ساحلی شیرینسازی آب از دیگر اهداف این طرح می باشد.
پروژه سنتز بيوچار از لجن فاضلاب تصفيه خانه بندرعباس و تاثيرآن بر حذف مواد مغذي از پساب مزارع پرورش ميگو از پرو ژه های کاربردی این بخش می باشد. در حال حاضر بیوچار از لجن فاضلاب تولید شده و کارایی ان در جذب مواد مغذی(نیترات، نیتریت و امونیوم) از پساب مزارع پرورش میگو در مقیاس آزمایشگاهی در دست اجرا می باشد.
با توجه به بروز بیماری در استخرهای پرورش میگو پروژه بررسی عوامل محیطی و مدیریتی موثر در بروز بیماری حاد هپاتو پانکراس در مزارع پرورش میگو منتخب در آبهای ایرانی دریای عمان (مزارع تیاب) از سال 1403 شروع و بمدت دو سال ادامه خواهد داشت.